最新研究：华南海鲜市场非新冠病毒起源地，11月中下旬已人传人

　　现在扩散的病例至少来自于3个途径。

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　　科研人员最新研究成果显示，武汉华南海鲜市场不是新冠病毒的起源地，新冠病毒可能最早于去年11月中下旬就输入武汉，并开始人际传播，在华南海鲜市场加快了人际传播。现在扩散的病例至少来自于3个途径。新型冠状病毒在2月12日之前发生过2次明显的种群扩张（分别是12月8日和1月6日）。

　　论文分析93个新冠病毒完整基因组

　　中科院西双版纳热带植物园副研究员郁文彬等人1月19日在中科院科技论文预发布平台chinaxi提交了一篇名为Decoding the evolution and transmissions of the novel pneumonia coronavirus (SARS-CoV-2) using whole genomic data（基于全基因组数据解码新型冠状病毒进化和传播）的论文（1月21日重新提交）。

　　科研人员收集了全世界各领域共享到GISAID EpiFluTM数据库中覆盖了四大洲12个国家的93个新型冠状病毒样本的基因组数据（截至2月12日），通过全基因组数据解析，追溯传染源及扩散路径。 研究发现，收到的93个样本包含58种单倍型（可以理解为核酸链上决定同一性状的多个连锁基因构成的基因型），可以归纳为五组，包括3个古老超级传播者单倍型（H1,H3和H13）和2个新的超级传播者单倍型（H56和mv2）。其中，在中国样本中发现31个单倍型，在其他国家样本中发现31个单倍型。

　　单倍型演化关系显示，单倍型H13和H38是比较“古老的”单倍型，通过一个中间载体（mv1，可能是一个祖先单倍型，可能是来自中间宿主或者“零号病人”）与蝙蝠冠状病毒RaTG13关联，并通过单倍型H3衍生出了单倍型H1。

　　郁文彬对媒体解释说，这是一种基于种群遗传学的分析方法。一种基因型不等于一个患者，一种新冠病毒单倍型携带者有可能是多人，甚至可能是上百人，比如H1单倍型就对应了19个样本，但是可以通过这个来溯源，因为某个单倍型患者意味着可能是来自同一个源传染。

　　华南市场的新型病毒是从其他地方传入的

　　研究发现，与华南海鲜市场有关联的患者样品单倍型都是H1及其衍生的单倍型H2，H8-H12，而一份武汉样品单倍型H3与华南海鲜市场无关。

　　H3 单倍型只有一个来自武汉的样本，与华南市场没有联系，而含有H3的其他样本则来自其他国家和地区。值得注意的是，华南市场的所有样本均具有 H1 单倍型或其衍生的单倍型（H2，H8-H12），这表明市场上短期内存在传播感染。华南市场中的新冠病毒可能是从其他地方传播的，或者至少华南市场没有病毒的原始来源。由于最早确定的受感染患者与市场没有联系，受感染的人很可能将新冠病毒传播给市场上的工人或卖家，然后迅速在市场上流通。拥挤的市场加速了病毒传播给买家，并于2019年12月上旬传播到整个城市，这与估计的人口扩张时间相对应。

　　根据病患发病时间记录和种群扩张时间推断，也印证了华南海鲜市场不是病毒发源地的推论。

　　柳叶刀1月24日在线发表的一项研究显示，首例新型冠状病毒肺炎确诊患者于去年12月1日发病，且无华南海鲜市场暴露史。当时这项研究分析了2019年12月16日至2020年1月2日期间在武汉市入院的首批41例确诊感染新型冠状病毒的病例。结果显示，首批41例确诊病例中，27例去过华南海鲜市场，14例没有华南海鲜市场暴露史。

　　广东的病毒可能有三个来源

　　为了能够细分来源，研究人员将58种单倍型分成了五组，分别是3个中心（古老超级传播者）单倍型（H1,H3和H13）和2个新的超级传播者单倍型（H56和mv2）。以此鉴别出广东的病毒可能有三个来源，重庆和台湾的病毒有两个来源。

　　其中，广东深圳一家人在早期就通过人传人进行了传播。有较多样本的澳大利亚、法国、日本和美国，他们的患者感染源至少有两个，尤其是美国包括了五个来源。非常值得关注的是H56这个超级传播者单倍型，它同时是澳大利亚、法国和美国，以及我国台湾患者的传染源。

　　单倍型H13和H38的病毒样品溯源发现分别是来自深圳的病患（广东首例）和美国华盛顿州的病患（美国首例）。他们的旅行记录表明应该都是2019年12月底至2020年1月初在武汉探亲期间被感染的。但现有武汉样本中没有检测到H13和H38单倍型。

　　论文解释，可能是因为现有样品主要采自几家定点医院，而且样品采集时间局限于2019年12月24日和2020年1月5日。如果能在武汉其他医院早期的病患检测到这两种单倍型，将对于寻找病毒来源非常有帮助。

　　11月中下旬已有人际传播，病毒基因组没有发生重组

　　论文根据新型冠状病毒基因组数据推算2月12日之前发生了两次明显种群扩张。1月之前的种群扩张发生时间是12月8日，该结果暗示病毒可能在12月初，甚至11月中下旬即已经开始有人际传播，随后在华南海鲜市场加快了人际传播。研究推算2月份之前的种群扩张时间在1月6日，这个可能与元旦假期有关联。

　　论文指出，这一天国家疾控中心发布了2级应急响应。当时的预警起到了一些警示作用，公众活动和出行都有所减少。如果当时的警示能引起大众更广泛的重视，那么1月份中下旬向全国和全球蔓延的病例会有所降低。研究人员进一步确认我国其他9个省区和其他11个国家的感染病例基本都是从武汉直接或者间接输入而来。

　　研究人员发现新型冠状病毒基因组没有发生重组事件，但有基因组之间有突变，这种突变是否会影响新型冠状病毒的活性暂不清楚，需要其他蛋白组学和结构生物学方面的专业人士进行验证。